Платформа PSSKB предназначена для проведения ресурсосберегающих научных исследований в области биомедицины. Мотивы белков позволяют в упрощенном виде представить трехмерную архитектуру белков, выполнять анализ их функциональных свойств без потери информации и предсказать вероятное изменение поведения белков при развитии патологических процессов. Использование небольших по размеру мотивов белков значительно сокращает затраты научно-исследовательского процесса, поскольку обеспечивает переход от сканирующего масс-спектрометрического анализа (метод «дробовика»), результатом которого являются десятки и сотни кандидатных биомаркеров, к «таргетному» анализу нескольких кандидатных биомаркеров. Применение цифровой платформы PSSKB, аккумулирующей знания о структурных мотивах белков и результатах анализа с их применением, значительно сокращает пространство поиска медицински значимых белков-мишеней (кандидатных биомаркеров, терапевтических мишеней) и упрощает процедуру их поиска. Так, в масс-спектрометрических исследованиях мы наблюдаем появление в состоянии болезни в образцах крови человека измененных форм белков, или аберрантные формы белков. Данные формы образуются вследствие аминокислотных замен или химических модификаций после синтеза, и зачастую запускают каскад патологических процессов и развитие заболеваний. Комбинация масс-спектрометрических технологий и методов структурного анализа позволяет, с одной стороны, выявлять аберрантные формы белков в биологических образцах и, а с другой – прогнозировать изменение поведения белка и его функциональной активности.

Открытая платформа PSSKB включает четыре блока и представлена обширной базой данных структурных мотивов и облачными сервисами для проведения молекулярно-динамических исследований этих мотивов.

Пополняемая база данных на сегодня содержит уже более 2,5 миллионов аннотированных по стереохимическим и биофизическим свойствам структурных мотивов. Сервис цифрового зрения, позволяет с высокой точностью проводить поиск белков с заданными свойствами. Сервис моделирования обеспечивает проведение сравнительного структурного анализа белков с различными вариантами модификаций (посттрансляционное модифицирование в 2022 году, аминокислотные замены в 2023 году). Сложные расчеты выполняются с применением инфраструктуры Суперкомпьютерного центра РАН (МСЦ РАН).